周りにデータ処理したいけど分からない〜という人が結構いるので作ってみました。
あくまで我流ですのでもっと良いやり方もあると思いますが〜。

1.取り込み〜主線の補正
まず取り込み。私は仕上がり部分にトンボの入ってる原稿用紙を使ってます。取り込む時にトンボに合わせて取り込むとあとでサイズ変更するときとかズレなくて便利。モノクロ原稿は1200dpiで作るのが理想ですが重いので、私は600dpiで作ってます。縮小しないなら600で十分です。
私はuniカラーのミントブルー芯を使ってるのでカラーで取り込むとこんなカンジです。消しゴムはかけません。コピー本やweb絵等でペン入れ?を鉛筆でやった時なんかはカラーで取り込んで後でシアンを飛ばします。
でもインクでペン入れた時はグレースケール取り込み。若干下描き線がグレーで残ってしまっていますが…
補正すると綺麗に消えるので無問題。カラーで取り込みは重いのでペン入れしたならグレースケールで取り込みましょう。
最初からモノクロ二階調で取り込んでもいいんですがやっぱりグレーで取り込んだ時より線飛ぶのであんまりオススメしません。
主線の補正は、トーンカーブを使ったりと人によってやり方はさまざまですが、私は 「イメージ＞色調補正＞レベル補正」を使っています。ここでは[入力レベル]の値を左から[148-1.00-150]にしてますがスキャナの性能によって微調整が必要です。新しいスキャナ買ってからは[178-1.00-180]かな〜？とりあえず3つの三角が重なるように設定すると完全に二値化されてます。
二階調化した線を拡大するとこんなです。ガビガビじゃん！てカンジですが、ガビガビでなくてはいけません。境界線にグレーの残るアンチエイリアスのかかったなめらかな線は一見美しく見えますし、きっちり二階調化すると細い線が一部飛んでしまったりしますが、グレーの残る主線のままだと印刷した時にそのグレー部分も網点化されるので、紙面で見るとにじんだようになってしまい、逆に繊細な線は台無しになります。
二階調化出来ているのでベタはそのままバケツツールでべーっと塗りつぶして大丈夫です。若干白く塗り残し粒がありますが、印刷すると見えないレベルなので気にしなくていいです。
二階調化出来てないままバケツで塗るとこんなカンジになっちゃいます…たまにこうなっちゃってる本見かけますね、、、。せめて塗りつぶしたい部分を選択して数ピクセル分拡張してから塗りつぶすと避けられます（その時はバケツつかっちゃダメで、編集から塗りつぶして下さい）

2.主線の透明化
こっから主線の透明化をしていきます。別に透明にしなくても作業は出来ますがした方が楽なのでしときましょう。
ちなみにこの方法はまったくもって私の我流です。

[チャンネル]を開いて左下のアイコンをクリックします。ここをクリックすると画面の白い部分が選択されるので、「選択範囲＞選択範囲の反転」を実行し、主線を選択した状態にします。
新規レイヤー[主線]を作成し、「編集＞塗りつぶし」を実行すると[主線]レイヤー上に主線が描画されます。以降[背景]レイヤー上の主線は不要なので、カンバスを全選択し、消去します。

以上で主線の透明化完了です。この一連の作業をアクションで登録しとくととても便利です。
取り込んだ時にカンバスサイズをちゃんと指定してなかったらこの辺でちゃんとやっときましょう。別に最初でも後でもいいんですが。

B5は182mmx257mmなので天地左右に3mmずつ断ちしろを追加した「188x263」にします。

3.枠線
枠線を引いていきます。こんなカンジのファイルを3つ作ります。
左が原稿サイズと同じ188x263サイズで内枠から外枠までを塗りつぶした状態のものです。背景白いけど透明化してます。
右が2mmx20mm(高さは任意で)
下のが20mmx5mm(横幅は任意で)
全て原稿と同じ600dpiで作ってください。
こんなカンジで作るです。右や下のファイルの幅や高さは必ず2mmや5mmでなければいけないわけではなく、枠線の幅の好みによって適当に変更して下さい。このふたつのファイルはすぐ作れるので保存しておかなくていいと思いますが、左のファイルは内枠とか計る必要があるので原稿の度に作るのはめんどうなのであらかじめ作って保存しとくといいです。
上のファイルみっつを原稿ファイルに写すとこんなカンジです。
みっつの画像を統合して塗りつぶしたり選択範囲を移動して消去したりしてこんなんを作ります。
自動選択ツールで黒い部分を選択して消去します。
選択範囲を残したままに、「編集＞境界線を描く」で線を引きます。
幅が線の太さになります。通常pxで入力しますが、mmで入力することもできます。私は14ピクセルにしてますがその辺は好みで。
ほいさ〜綺麗な枠線が引けました。あとははみ出たところやミスったとこを修正して枠線と主線レイヤーを統合して（→のレイヤーはどっちも主線になってますが上が枠線です）主線の処理は終わり。次はトーンです。

4.トーン
とりあえずコミスタやワークス、パワートーンを持ってる人はおいておいて、ここではフォトショのみでトーン処理する方法を紹介します。
が、ハッキリ言ってめんどくさいのでこれは最終手段と思った方が良いかと…楽なのはフィルタで使えるフォトショ用のパワートーンですかね〜。

とりあえずフォトショのみでの処理。
まずはこんなカンジで色塗ります。ほんで原稿ファイルと同じサイズの新規ファイル[188mmx263mm 600dpi グレースケール]のファイルを作って、原稿ファイルのトーンレイヤーの一つ（ここでは50線というファイル）を移します。
こんなカンジ。移す時に位置がズレないように気を付けて下さい。
そしてこのファイルを二階調化します。
二階調化は「イメージ＞モード＞モノクロ二階調」の実行で出来ます。その時[種類]の部分を[ハーフトーンスクリーン]にすることを忘れないで下さい。
トーンの線数を好みで入力します40線以上は大体アナログトーンと同じ網点の密度になりますが、30線以下になるとまたちょっと違って来ますのでご注意。
50番台のトーンになりました。拡大するとちゃんと点になっているのが分かります。
トーン化したものを原稿のファイルに移し、元あった[50線]レイヤーを削除すればオッケーです（トーン化したものは背景が透明でなく白なので乗算にするか透明化しなければなりません）

これを線数によって分けたレイヤーの分だけ繰り返します。とても面倒くさいです。しかしフォトショ以外のソフトがなにもない場合はこの方法しかありません。
トーンの線数全部同じでいいや〜という人は原稿ファイルを統合して好みの線数、例えば50線でモノクロ二階調化しちゃえば1P丸々50番台のトーンが貼ってある原稿が出来上がります。

ちなみに「フィルタ＞ピクセレート＞カラーハーフトーン」は完全に二階調化した網点にならず、点がグレーがかったりしてるので、印刷されると点のひとつ一つが更にトーン化され、モアレが大発生します。
あとは文字入れて完成です。私はトンボ入れたことないんですがまあ断ちしろしっかり指定してれば大丈夫みたいです。

文字入れる時はこの右下の部分を[鮮明]や[シャープ]にせず、必ず[なし]にしなくてはいけません。シャープとかでなめらかに見えるのはやっぱり主線と同じくアンチエイリアスがかかっていてグレー部分がある状態なので、印刷されるとそのグレー部分がトーン化されるのでやっぱりぼけます。

こんなカンジかな〜…分かるだろうか…。